研究院是深圳市政府和清華大學于1996年12月共建的、以企業化方式運做的事業單位，雙方各占50%股份，實行理事會領導下的院長負責制。研究院占地面積1.6萬平米、建筑面積3.2萬平米，1999年8月落成使用。

　　研究院恪守著清華“自強不息，厚德載物”的校訓，秉承了深圳“敢闖敢試，兼容并蓄”的精神，以體制機制創新為核心，在實踐中形成了獨具特色的發展理念，確立了行之有效的發展戰略，各項工作持續不斷地取得了令人矚目的進展與成績。

　　研究院創立了“四不像”理論，即：研究院既是大學又不完全像大學，文化不同；研究院既是科研機構又不完全像科研院所，內容不同；研究院既是企業又不完全像企業，目標不同；研究院既是事業單位又不完全像事業單位，機制不同。

　　研究院確定了“四三二一”戰略，即：四個加強，加強與清華的紐帶，加強與政府的互動，加強與金融的結合，加強與國際的合作；三個重點，重點人才、重點項目和重點園區；兩個關系，開拓發展和規范管理的關系，集體利益和團隊激勵的關系；一個核心，體制機制創新。