錦州醫科大學基礎醫學院的前身為始建于1958年的基礎部，1997年正式建院，2011年9月由基礎學院更名為基礎醫學院。基礎醫學院是學校一個重要的二級教學、科研單位，承擔著全院研究生、留學生、本科生、高等職業技術等多層次、多院系學生的專業基礎課程的教學及科研工作。

基礎醫學院現有一級學科2個，二級學科15個，遼寧省重點實驗室3個，聯合培養博士點1個，碩士點15個，研究方向49個。

基礎醫學院每學年承擔著全校各個層次多個專業（方向）萬余學時的教學工作量。近三年來，共獲省級教學立項5項，發表國家級、省級教學研究論文50多篇。在“十一五”及“十二五”期間，先后獲得1項國家級教學成果，6項省級教學成果，7門省級精品課程，2門省級雙語教學示范課程，4個省級優秀教學團隊，1個省級實驗教學示范中心，2門課程獲批遼寧省普通高校本科精品視頻公開課建設項目，1門課程獲批遼寧省精品資源共享課，主編、參編各類教材77部。1名教師榮獲首屆全國高等醫學院校“青年教師教學基本功大賽”第一名。1名教師榮獲第二屆全國高等醫學院校“青年教師教學基本功大賽”第二名。在遼寧省第十二屆軟件大賽中獲三等獎兩項，優秀獎三項。1名教師榮獲遼寧省青年教師技能大賽優秀獎。