錦州醫(yī)科大學藥學院的前身為錦州醫(yī)學院（現(xiàn)為錦州醫(yī)科大學）藥學系，始創(chuàng)于1994年；隨著學院的發(fā)展2002年3月更名為藥學院。1998年起，招臨床藥學五年制本科生。2002年至2003年又相繼增招了藥學專業(yè)四年制本科生和醫(yī)藥經(jīng)貿(mào)專業(yè)四年制本科生。2001年申報生藥學碩士學位授予權(quán)，2002年開始招收生藥學碩士研究生。2005年獲批成為藥學一級學科碩士授予權(quán)單位。2010年藥學專業(yè)碩士學位通過國務(wù)院學位委員會審批，2011年招收藥學專業(yè)學位碩士研究生。

藥學院以本科教育為主，大力發(fā)展研究生教育。面向遼寧乃至全國，培養(yǎng)藥品研發(fā)、生產(chǎn)、管理、服務(wù)、監(jiān)測等方面的高級藥學專業(yè)人才。現(xiàn)開設(shè)藥學專業(yè)（四年制本科）,具有藥學專業(yè)學士學位授予權(quán)和藥學碩士學位授予權(quán)。

藥學院下設(shè)6個教研室、1個中心實驗室和1個遼寧省藥物作用與質(zhì)量評價工程技術(shù)中心。現(xiàn)有專職教師44人。專職教師中教授5名，副教授14名，講師21名；博士研究生占教師總?cè)藬?shù)40%，碩士研究生占教師總?cè)藬?shù)90%以上。現(xiàn)有學術(shù)帶頭人11名，研究方向11個。現(xiàn)有碩士研究生導師16名，承擔藥物分析學、藥劑學、藥物化學、生藥學、微生物與生化學等學科碩士研究生的培養(yǎng)任務(wù)。