南京大學文學院，前身為南京大學中國語言文學系，是南京大學歷史最悠久的系科之一，也是南京大學學術力量最強的系科之一。其歷史可追溯到1902年建立的三江師范學堂和1888年美國基督教會在南京建立的匯文書院，當時雖無系的建制，但匯文書院的首任院長福開森先生就是文學士出身，晚清進士出身的兩江師范學堂學監（校長）李瑞清先生更是“提倡國學、科學、藝術不遺余力”的教育家。兩校把作為中學、國學根基的中國語言學、中國文學規定為所有學生的主要必修課程。后來長期在南京大學中文系任教的著名國學大師胡小石先生、著名戲曲史家陳中凡先生，以及著名國畫大師呂鳳子先生都是兩江師范學堂的畢業生。1912年，國民政府頒布實施“壬子學制”，根據這一學制，1914年在兩江師范學堂基礎上建立起來的南京高等師范學校正式設置中國語言文學系，這是我國近現代高等教育史上最早建立的中文系之一。

中文系建立的第二年（1915），開始招收本科（4年制）和專科（2年制）學生，后來經歷了國立東南大學（1920-1927年）、第四中山大學（1927-1928年）、江蘇大學（1928年）、國立中央大學（1928-1949年）幾個發展階段。1949年8月更名為國立南京大學，翌年根據政務院決定，去“國立”而逕稱“南京大學”,匯文書院則在1910年與宏育書院合并并改名金陵大學，同年設置中文系宏育書院是由1891年建立的基督書院與1894年建立的益智書院與1906年合并而成。1951年金陵大學與金陵女子文理學院合并為公立金陵大學。1952年全國院系調整時，南京大學的文、理學院與金陵大學的文、理學院合并，奠定了今日南京大學的基礎，隸屬國家教育部，后屬國家高教部，今屬國家教委。兩校文學院的中文系合并為今日南京大學中文系。2007年，更名為南京大學文學院。

百余年來一批國學大師和著名學者如李瑞清、黃侃、吳梅、方光燾、胡小石、汪辟疆、陳中凡、潘重規、楊晦、唐圭璋、呂叔湘、羅根澤、陳白塵、陳瘦竹、程千帆等先后在本院任教，各層次歷屆畢業生近萬人。