復旦大學航空航天系前身是復旦大學數學系1958年設立的力學專業，1984年獨立建系，2015年更名航空航天系。應國家重大戰略需求，于2002年和2003年在綜合類院校中率先設立飛行器設計與工程本科專業和飛行器設計碩士點，2008年被納入大型客機國家重大專項參研單位，2010年獲航空宇航科學與技術一級學科碩士學位授予權，2021年獲航空宇航科學與技術一級學科博士點。

一直以來，我系的辦學理念是：以學科建設為引領、人才培養為根本、師資隊伍為保障、科學研究為抓手，緊跟航空航天國家重大需求，面向通用航空產業發展，瞄準國際科技發展前沿，建設特色鮮明、國際一流的航空航天學科，培養領域內復合型領軍人才。

目前，航空航天系有航空宇航科學與技術、生物醫學工程2個一級學科博士點，航空宇航科學與技術學科下設飛行器設計、航空宇航流動理論與工程、航空宇航材料力學與結構工程等方向。