為深入學(xué)習(xí)貫徹落實(shí)黨的十七大精神和2008年高校思想政治理論課工作會(huì)議精神，全面推進(jìn)教育事業(yè)科學(xué)發(fā)展，充分發(fā)揮思想政治理論作為大學(xué)生思想政治教育主渠道的作用，切實(shí)加強(qiáng)思想政治理論課教師隊(duì)伍建設(shè)，2008年11月經(jīng)黨委研究決定，成立由直屬學(xué)校黨委領(lǐng)導(dǎo)的馬克思主義學(xué)院。

2009年1月12日馬克思主義學(xué)院舉行了掛牌儀式。馬克思主義學(xué)院下設(shè)馬克思主義基本原理、馬克思主義中國(guó)化研究、中國(guó)近現(xiàn)代史基本問(wèn)題、思想政治教育、新疆歷史與民族宗教理論政策5個(gè)教研室，既是思想政治理論課教學(xué)部門和馬克思主義理論研究機(jī)構(gòu)，又是馬克思主義理論學(xué)科點(diǎn)的依托單位。該院現(xiàn)設(shè)三個(gè)研究生專業(yè)：馬克思主義中國(guó)化研究、思想政治教育、馬克思主義基本原理。新疆師范大學(xué)新成立的馬克思主義學(xué)院在自治區(qū)高校尚屬首家，馬克思主義學(xué)院的成立，將進(jìn)一步強(qiáng)化馬克思主義在高校的指導(dǎo)地位及其主流價(jià)值，是新疆師范大學(xué)進(jìn)一步加強(qiáng)和改進(jìn)大學(xué)生思想政治教育工作，規(guī)范思想政治理論課教師隊(duì)伍建設(shè)，加快學(xué)校馬克思主義理論研究和建設(shè)工程的一項(xiàng)重要舉措。

馬克思主義理論一級(jí)學(xué)科，設(shè)置于“法學(xué)”門類內(nèi)，下設(shè)六個(gè)二級(jí)學(xué)科，即：馬克思主義基本原理、馬克思主義發(fā)展史、馬克思主義中國(guó)化研究、國(guó)外馬克思主義研究、思想政治教育、中國(guó)近現(xiàn)代史基本問(wèn)題研究。馬克思主義理論學(xué)科及其所屬二級(jí)學(xué)科的方向設(shè)計(jì)，既要區(qū)別于原來(lái)的馬克思主義理論與思想政治教育學(xué)科，也要區(qū)別于馬克思主義哲學(xué)、政治經(jīng)濟(jì)學(xué)、科學(xué)社會(huì)主義等相關(guān)學(xué)科。為此，根據(jù)該院實(shí)際，確立了三個(gè)二級(jí)學(xué)科的研究方向及特色。1、馬克思主義基本原理：兼具馬克思主義基本原理研究和相關(guān)教育實(shí)踐研究。其主要特色為：（1）馬克思主義基本原理研究。（2）馬克思主義理論教育規(guī)律與方法研究。2、馬克思主義中國(guó)化研究：兼具馬克思主義中國(guó)化理論研究和相關(guān)教育研究?jī)刹糠謨?nèi)容，其主要特色是：（1）中國(guó)化馬克思主義理論與發(fā)展研究。（2）中國(guó)化馬克思主義理論教育研究。3、思想政治教育：（1）少數(shù)民族地區(qū)思想政治教育規(guī)律與方法研究（2）少數(shù)民族地區(qū)思想政治教育理論與實(shí)踐研究。

2022年12月，新疆師范大學(xué)馬克思主義學(xué)院等共同組建的烏魯木齊市大中小學(xué)思想政治理論課一體化教育聯(lián)盟正式成立。