同濟大學現代農業科學與工程研究院成立于2000年，研究院融合我校建筑、規劃、能源、環境、自動控制、機械、材料、應用化學、生命、經濟與管理等多學科綜合優勢，打造一個新興的、具有多學科交叉特色的現代農業科學與工程集成技術和復合型人才培養的基地。

下設院辦公室、設施農業技術研究所，生態園區與景觀規劃研究所、農副產品安全及深加工研究所、農業環境工程研究所、農業信息技術研究所。

現代農業科學與工程研究院是由學校多個優勢學科交叉組成的現代農業學科平臺，“國產化智能溫室及其環境控制系統等配套設施的研制”項目2005年獲教育部科技進步一等獎、2007年獲國家科技進步二等獎。我院與上海都市綠色工程有限公司聯合申報的“國家設施農業工程技術研究中心”2011年1月正式獲科技部批準立項建設，該國家工程技術研究中心與“教育部設施農業網上合作研究中心”、“上海市設施農業工程技術研究中心”均掛靠我院。

結合國家設施農業工程技術研究中心和其它兩個中心的建設，圍繞學校建設目標，以可持續發展為切入點，更好地融入到學校學科發展中去，進一步強化以“多學科、綜合性、工程化”為特色的同濟大學農業學科建設。

我院重點開展農業環境與生態景觀、農業信息與控制、生物質能源、農業生物生理與生產技術四方面的學科建設和研究工作。