1.工商管理碩士MBA

　　工商管理碩士（（Master Of Business Administration，簡稱MBA）專業學位教育主要培養能夠勝任工商企業和經濟管理部門高層管理工作需要的復合型和應用型高層次管理人才，注重在掌握生產、財務、金融、營銷、經濟法規、國際商務等多學科知識和管理技能的基礎上，培養把握全局的戰略思維能力和敏銳思考、判斷和處理問題的能力，使之在風云變幻的商業競爭中更具職業競爭實力。

　　2009年，新疆大學獲批MBA專業學位授權點，至今已形成具有一定特色積淀的培養體系，培養的MBA學員大多成長為中央駐疆企業、新疆本地國有企業及民營企業的中高層管理人員，為新疆經濟社會發展提供了有力的管理人才支撐。

　　2.會計碩士MPAcc

　　會計碩士（Master of Professional Accounting，簡稱MPAcc），直接面向職業需求，培養具有良好職業道德、進取精神和創新意識，能夠熟練運用現代會計、財務、審計等相關領域專業知識解決實際問題的高素質、應用型、國際化的會計專門人才，其服務行業領域廣泛，涵蓋政府部門，大中型企業、事業單位，銀行、證券、投資、保險等金融機構，以及會計師事務所、咨詢公司、資產評估公司等中介機構。

　　2019年，新疆大學獲批MPAcc專業學位授權點，2020年首次招生。本專業學位以新疆大學工商管理、理論經濟學一級學科及其他相關學科為支撐，在培養過程中突出理論教學和案例診斷相結合，同時聘請了一批區內外知名院校師資和企業家導師參與培養和實踐指導，形成了具有鮮明特色的培養體系。

　　3.公共管理碩士MPA

公共管理碩士(Master of Public Administration，簡稱MPA)是為適應社會公共管理現代化、科學化和專業化的要求而設立的一種專業學位，主要為黨政機關、事業單位及公共機構培養德才兼備、適應社會主義現代化建設需要的高層次、應用型、復合型管理人才。本專業學位要求研究生掌握公共管理分析方法及技術，理解公共管理研究范式及其本身的內在規律，熟悉具體領域的政策、管理與治理，運用公共管理的視角在公共管理實踐中發現問題、分析問題和解決問題。

　　2003年，新疆大學獲批MPA專業碩士學位授權點，是全國第二批獲批MPA專業碩士學位的高校，經過十多年的發展，已經形成了一支結構合理、教學水平較高、科研實力較強的師資隊伍，在全疆及西北地區具有較大的影響力。

　　4.工程管理碩士MEM

　　工程管理碩士（Master of Engineering Management，簡稱MEM）是為適應我國現代工程事業發展對工程管理人才的迫切需求，完善工程管理人才培養體系，創新工程管理人才培養模式，提高我國工程管理的人才質量而設置的一種專業學位，突出工程與管理學科相結合，重視運用團隊學習、案例分析、現場研究、項目訓練等方法，培養能獨立擔負工程管理工作，具有分析和創造性解決實際問題能力的高層次、應用型工程管理專門人才。

　　2015年，新疆大學MEM開始招生（含全日制和非全日制）。在統籌和共享新疆大學跨學院、跨學科優勢師資及教學資源的基礎上，聘請眾多來自相關行業的資深實踐專家，業已形成一支具有較強科研能力和實踐經驗的“雙導師型”師資隊伍，并在課程體系、平臺建設、能力培養等方面具有較為顯著的區位優勢。

　　5.旅游管理碩士MTA

旅游管理碩士(Master of Tourism Administration，簡稱MTA)是在我國旅游業迅速發展的大背景下，為適應我國旅游業發展對旅游管理專門人才的迫切需要，完善旅游管理人才培養體系，創新旅游管理人才培養模式，提高旅游管理人才培養質量，經國務院學位委員會于2010年3月批準設置的一種專業學位，主要培養具有社會責任感和旅游職業素養、具備國際化視野和戰略思維能力、能夠勝任現代旅游業實際工作的復合型管理人才。

　　2011年，新疆大學獲批全國首批、新疆唯一MTA專業學位授權點。本專業學位以馬克思主義思想為指導，堅持國際視野和實踐創新，結合新疆旅游發展的實際，不斷向高層次、有特色、綜合應用的辦學方向發展。目前，已建成一支具有專業素養高、實踐能力強、與旅游業界有良好合作關系的專兼職師資隊伍，建有十余個實習實踐基地，為培養高層次、應用型旅游管理人才提供了良好條件。