云南農業大學動物醫學院的前身是國立云南大學農學院畜牧系，始創于1950年，1960年在小哨建立云南畜牧獸醫學院，1961年云南畜牧獸醫學院、昆明農學院和昆明林學院三個學校合并為昆明農林學院小哨分院，1964年遷至昆明農林學院本部黑龍潭成立畜牧獸醫系，1969年搬遷至大理賓川縣，1970年遷至尋甸縣，1971年2月昆明農林學院畜牧獸醫系與云南農業勞動大學畜牧獸醫系合并成立云南農業大學畜牧獸醫系，1979年由尋甸縣遷至昆明市黑龍潭旁，1995年成立云南農業大學動物科學技術學院，2017年7月成立云南農業大學動物醫學院。學院下設基礎獸醫學系、預防獸醫學系、臨床獸醫學系3個系，有1個動物醫學實踐教學中心、1所學院附屬動物醫院。學院以本科教育為主，同時積極拓展研究生教育，2018年有全日制在校本科生744人，學術碩士研究生108人。

學科現有專職教師69人，其中教授23人、副高職16人，博士學位49人（80.3%），博導8人。入選國家百千萬人才工程1人，有國家重點研發計劃首席科學家1人，省級人才13人，國務院獸醫專業學位教指委委員1人，教育部動物醫學教指委委員1人，省部共建國家重點實驗室1個，省級科研平臺3個，省“千人計劃”高層次創新團隊1個，省級創新團隊1個。

1996年獲預防獸醫學碩士授權，2002年獲獸醫專業碩士授權，2010年獲獸醫學碩士一級學科，含預防獸醫學、基礎獸醫學和臨床獸醫學3個二級碩士點，2014年增設獸醫公共衛生學碩士點，2018年在畜牧學一級學科下設畜禽健康養殖二級博士點，同年，獸醫學被云南省列為“2018-2020年立項培育建設博士學位授權點”。

學科立足云南特殊的區域優勢和動物疫病復雜多樣性，圍繞獸醫領域開展研究，形成動物病理生理與動物病理生物醫學、跨境動物與人獸共患病、近交系小型豬實驗動物化與比較醫學等特色研究方向。獲世界首批內源性逆轉錄病毒失活克隆豬，以封面文章在Science上發表。近5年承擔國家重點研發計劃等各類項目115項，到賬經費8567.7萬元。獲省部級科技獎11項、授權專利42項，成果轉讓7項，編寫專著及教材37部，在Science、EID等SCI期刊收錄論文62篇。

2010年以來承擔國家及省部級等科研項目124項，科研經費8291.5萬元。其中國家級35項（1725.8萬元），國家自然科學基金項目31項（1397.8萬元），973計劃項目1項，國家重點研發計劃子課題3項，云南省基礎研究計劃重大項目1項，云南省對外科技合作計劃1項，云南省基礎研究計劃重點項目4項，校企等橫向項目30項。2010--2018年發表學術論文636篇，其中在Science、Cell和PlosBiology等國際頂級期刊上發表SCI學術論文141篇，單篇最高IF為41.058。主編、參編教程57部，獲授權專利34項，科技成果獎14項（教學科研獎3項），含云南省自然科學二等獎（排名第一）1項，云南省自然科學三等獎（排名第一）2項，湖南省技術發明一等獎（排名第四）1項。

學科始終堅持立德樹人、德育為先人才培養導向，近5年培養全日制研究生267人，培養博士研究生16人，每屆畢業生年終就業率均在95%以上，用人單位認可度和滿意度高。