云南農業大學煙草學院是全國較早開始煙草教學、科研的單位之一。自解放前我校留法博士、“云煙奠基人”徐天騮教授開始，上世紀40～80年代的老一輩教育工作者如羅鵬濤、彭桂芬、程輝斗等教授就十分重視云南農業大學煙草學科的建設與發展，先后在我校前身的云南大學農學院及后來的昆明農林學院及云南農業大學開設了作物學中的《煙草栽培學》課程；經濟作物學（煙糖茶果）也被批準為云南省第一批（七五期間）重點扶持學科予以建設。1986年起開始招收煙草專業本科學生；1987年依托作物栽培學碩士點開始招收煙草方向碩士研究生。1996年經云南省人民政府批準，1997年7月10日掛牌成立了云南農業大學煙草種植技術學院；2001年5月更名為煙草學院。

在幾代人的努力下，學院已形成本科、碩士和博士3個辦學層次的煙草專業人才培養體系。煙草專業為云南省重點專業、特色專業和專業改革綜合試點專業。煙草學為二級學科碩士點，依托學校作物遺傳與育種博士點招收作物品種與生態方向博士研究生。目前在校全日制本科學生489人，全日制和非全日制碩士研究生160人，在讀博士8人。學院建有云南省“煙草科學與工程實驗教學中心”1個，“云南省煙草產業研究生聯合培養創新基地”1個，“國家級大學生校外實踐教育基地”1個，與煙草等企業合作共建校外實踐教學基地6個。

學院師資隊伍年齡結構合理、素質較高。現有教職工29人，其中教授7人，副高級職稱12人，博士學位獲得者18人；有博導3人，碩導17人，云嶺教學名師1人，云南省高層次人才特殊支撐計劃教學名師1人，云南省高等學校教學名師1人，云南省中青年學術帶頭人1人、后備人才1人，省級教學團隊1個。學院堅持立足云南，面向全國，依托煙草行業支持，加強與煙草行業聯合，堅持教學、科研與生產實踐相結合，教學科研全方位為國家、地方經濟建設和煙草產業發展服務。目前在研國家自然科學基金項目和省內外各級煙草項目30余項，在綠色優質煙葉生產、煙區生態環境保護、卷煙加香保潤等方面研究成果得到煙草企業認可和應用，授權專利30余件，先后獲國家煙草總公司、云南省人民政府等省部級科技獎勵10項，云南省煙草公司和云南省中煙工業有限責任公司等省級煙草企業科技成果獎勵30余項。

學院多年來堅持教學中心地位，積極推進教學改革，努力提高人才培養質量。現已形成“四階段理論學習，四階段實踐鍛煉”的人才培養體系。專業核心課程《煙草栽培學》為云南省精品課程、國家級精品課程和國家級精品資源共享課程。煙草專業實踐教學基地及實踐教學模式和專業建設成果于2001年和2009年獲云南省教學成果一等獎；《煙草栽培學》國家精品課程建設獲云南省教學成果二等獎。目前云南省內煙草行業70%以上的中級及以上技術人員、50%以上的中層管理骨干均畢業于我校。