華東交通大學電氣與自動化工程學院的前身是創辦于1979年9月的機電系，分設機、電兩大類，電力機車專業（1981年招生）和鐵道供電專業（1984年招生）屬電類專業。

1985年1月，依專業發展的要求，將機電系分為機械工程系和電氣工程系。隨著電氣工程系的不斷發展，逐步形成了“電力牽引與傳動控制”、“鐵道電氣化”、“工業自動化”、“計算機應用”、“電子電器”和“建筑電氣技術”六個本專科專業。

1996年7月，電氣工程系結合學科及專業特色，分別設立電氣工程系和電子信息工程系；電氣工程系保留了“電力牽引與傳動控制”、“鐵道電氣化”、“建筑電氣”（1995年招生）三個本專科專業。

1999年2月，學校將電氣工程系和電子信息工程系合并，成立電氣信息工程學院，下設“電氣工程及其自動化”、“自動化”、“計算機科學與技術”三個本科專業大類。

2002年1月，依學校發展及專業變化的要求，分別成立了電氣工程學院和信息工程學院，同年5月，電氣工程學院更名為電氣與電子工程學院。

2016年5月，依《關于學科、專業調整及學院設置的實施意見》，經校黨委會研究，電氣與電子工程學院更名為電氣與自動化工程學院。

目前，電氣與自動化工程學院具有“電氣工程及其自動化”、“自動化”、“電子信息工程”、“建筑電氣與智能化”及“軌道交通信號與控制”五個本科專業；其中“電氣工程及其自動化”、“自動化”兩專業為國家級特色專業建設點，“電氣工程及其自動化”專業為鐵道部特色專業，并入選江西省普通本科高等學校卓越工程師教育培養計劃。

經多年努力與發展，電氣與自動化工程學院的教學與學科建設取得顯著成績，現有一級學科博士點1個（控制科學與工程），二級學科博士點1個（交通信息工程及控制）；一級、二級學科碩士點共8個；擁有博士后科研流動站1個（控制科學與工程）；江西省一流學科2個（控制科學與工程）（交通運輸工程）、江西省重中之重高水平學科1個（控制科學與工程）、江西省重點學科1個（電氣工程）、江西省重點實驗室1個（江西省先進控制與優化重點實驗室）、“江西省軌道交通電氣化與自動化工程研究中心”、國家級科研平臺“軌道交通基礎設施運維安全保障技術國家地方聯合工程研究中心”- “牽引供電基礎設施方向”等。

在學校黨委行政的領導下，學院緊抓“交通特色、軌道核心”的辦學定位，重視創新與發展，形成了良好的人才培育環境，近些年在教學、科研及人才培養方面均取得顯著成績，目前學院教師主持在研國家自然科學基金重點、面上、青年及地區項目40余項，省教改研究重點及一般項目50余項，獲中國鐵道學會科技進步獎及其他省級科研、教學成果獎勵10余項，培養出了以“中國青少年科技創新獎”獲得者張海強、“中國大學生自強之星標兵”張海龍為代表的大批創新人才典型。

學院現有教職工135人，其中教師104人，實驗室人員15人，專職行政人員5人，輔導員13人。教師中教授15人，博士生導師5人，副教授40人，博士38人，在讀博士16人，碩士55人，具有碩士以上學位教師的比例為89％。教師中，入選國家級及省級新世紀百千萬人才工程人選、江西省教學名師、贛鄱英才555工程人選等10余人，具有在國外訪學經歷的人員26人 。

現有本科生2478人，其中電氣工程及其自動化專業1292人，自動化專業382人，電子信息專業205人，建筑電氣專業228人，軌道交通信號與控制專業371人。現有研究生274人，其中碩士研究生257人，博士研究生17人。

電氣與自動化工程學院專業及學科建設發展：

1979年9月，電力機車專業（1981年招生）、鐵道供電專業（1984年招生）、鐵道供電及自動控制專業（1982年招生）三個本專科專業；

1985年1月，電力牽引與傳動控制專業、鐵道電氣化專業、工業電氣自動化專業（1986年招生）、電子計算機應用專業、電氣技術專業（1988年招生）、電子電器專業（1989年招生）六個本專科專業；

1993年12月，經國務院學位委員會第十二次會議批準，我校成為碩士學位授予單位。鐵道牽引電氣化與自動化被批準為我校首批碩士學位授予點，并于1995年開始招收碩士研究生，同年被確定為江西省重點學科，1997年更名為交通信息工程及控制。

1995年，學校將電氣技術專業調整為建筑電氣技術專業并繼續招生。

1996年，學校將歸屬電氣工程系的專業進行了第一次調整，分別為：工業自動化專業（電力牽引與傳動控制方向）、電氣技術專業（鐵道電氣化方向，1998年決定在1996級中增設建筑電氣技術方向）。

1999年，電氣工程系所屬專業進行了第二次調整，將工業自動化專業（電力牽引與傳動控制方向）、電氣技術專業（鐵道電氣化方向、建筑電氣技術方向）歸并為電氣工程及其自動化專業，下設電力牽引與傳動控制、鐵道電氣化、建筑電氣技術三個專業方向。

1999年4月，學校成立電氣信息工程學院，下設電氣工程及其自動化、自動化、計算機科學與技術三個本科專業及交通信息工程及控制碩士點，2001年，交通信息工程及控制被確定為江西省“十五”重點學科。

2002年1月，成立電氣工程學院，同年5月，電氣工程學院更名為電氣與電子工程學院，下設電氣工程及其自動化（電力牽引與傳動控制方向、鐵道電氣化方向、建筑電氣技術方向、城市軌道交通動力與控制方向）、自動化（工業自動化方向、鐵道信號方向）等二個本科專業及交通信息工程及控制碩士點。

2002年，電子信息工程專業招生。

2002年9月，電力系統及其自動化碩士點招生、交通信息工程及控制工程碩士招生。

2004年，在電氣工程及其自動化專業下增設電力系統及其自動化專業方向。

2005年，新增交通信息工程專業獲教育部批準。

2006年交通信息工程專業（鐵道信號方向）招生，并同時撤消自動化專業下的鐵道信號方向（2010年該專業劃歸新成立的軌道交通學院）。

2006年3月，電力電子與電力傳動、控制理論與控制工程、檢測技術與自動化裝置等三個碩士點及電氣工程碩士學位授權一級學科獲得批準。上述三個碩士點于2007年9月招生。

2007年，新增建筑電氣與智能化專業獲教育部批準設置，2008年招生，并同時撤消電氣工程及其自動化專業下的建筑電氣技術方向；2011年，新增能源工程及自動化專業獲教育部批準設置（目前尚未招生）

2009年3月，新增控制工程工程碩士招生領域.

2009年9月，電機與電器、高電壓與絕緣技術、電工理論與新技術等三個碩士點招生

2010年3月，控制科學與工程碩士學位授權一級學科獲得批準。

2013年9月，經國務院學位委員會第三十次會議審議批準，華東交通大學被增列為博士學位授予單位，控制科學與工程、交通運輸工程等2個學科為博士學位授權一級學科。

2014年10月，經江西省人力資源和社會保障廳“關于公布2014年獲準設立博士后科研流動站名單”的通知，華東交通大學（電氣與電子工程學院）“控制科學與工程”學科獲批準。

2016年5月，依《關于學科、專業調整及學院設置的實施意見》，經校黨委會研究，電氣與電子工程學院更名為電氣與自動化工程學院，“軌道交通信號與控制”專業劃歸電氣與自動化工程學院。

2017年12月，江西省教育廳公示一流學科建設名單，交通運輸工程、控制科學與工程學科入選。

2017年12月，國家發改委公示2017年度國家地方聯合工程研究中心，“軌道交通基礎設施運維安全保障技術國家地方聯合工程研究中心”成功入選；其中，“牽引供電基礎設施方向”為電氣學院交通信息工程及控制學科負責。

經多年的發展與建設，電氣與自動化工程學院已逐步形成了以“電氣工程及其自動化”、“自動化”、“電子信息工程”、“建筑電氣與智能化”、 “軌道交通信號與控制”五個本科專業及“控制科學與工程”一級學科博士點和“交通信息工程及控制”二級學科博士點為主線的博、碩、本三個層次并重的人才培養體系。