1985年集美師范專科學校設立政治教育專業(yè)，培養(yǎng)具備馬克思主義基本理論和思想政治教育專業(yè)知識，并能在黨政機關、學校、企事業(yè)單位從事思想政治工作的專門人才。從1985年至1999年，政治教育專業(yè)（1990年起改稱“政治教育系”）始終堅持正確的辦學方向和服務教育發(fā)展、經(jīng)濟建設與社會需求的辦學宗旨，注重實踐能力培養(yǎng)，培養(yǎng)出十四屆近千名學生（其中1991年未招生），所培養(yǎng)的畢業(yè)生主要服務于福建省內(nèi)的中等學校、黨政機關、企事業(yè)單位。而今許多畢業(yè)生已成為地方教育單位和黨政機構(gòu)的重要力量，為地方教育事業(yè)、經(jīng)濟建設發(fā)揮著積極作用。

1993年集美師范專科學校更名集美高等師范專科學校，1994年9月集美大學成立，集美高等師范專科學校并入集美大學并更名為師范學院。被并入集美大學的同時還有集美航海學院、廈門水產(chǎn)學院、福建體育學院、集美財經(jīng)高等專科學校等四所高校，四所高校中，福建體育學院有獨立的馬列主義教研室機構(gòu)設置，集美航海學院、集美財經(jīng)高等專科學校有獨立的社會科學部機構(gòu)設置，廈門水產(chǎn)學院有社會科學部、經(jīng)貿(mào)系系部合一的機構(gòu)設置。廈門水產(chǎn)學院社會科學部（經(jīng)貿(mào)系）從1993年到1998年培養(yǎng)了六屆學生，為社會輸送了近三百名經(jīng)濟人才。1999年10月在集美大學實現(xiàn)實質(zhì)性合并時，以原師范學院政治教育系為基礎，結(jié)合集美航海學院、廈門水產(chǎn)學院、集美財經(jīng)高等專科學校三所高校的社會科學部，以及福建體育學院馬列主義教研室的力量，組建新社會科學系（部）。新成立的社會科學系（部）師資實力大增，從2001年起社會科學系（部）招收社會工作專業(yè)本科生，2003年起招收法律專業(yè)本科生，原設于航海學院的法學專業(yè)（海商法方向）也于2008年整合歸口本單位。

2006年社會科學系（部）辦學水平再上一個層次，開始招收“馬克思主義中國化研究”專業(yè)研究生，為黨政機關、高等院校、科研機構(gòu)、企事業(yè)單位等相關部門培養(yǎng)從事教學、科研、管理和社會服務工作的高級專門人才。2007年社會科學系（部）更名政法學院，成為擁有一個“馬克思主義中國化研究”專業(yè)碩士點，兩個本科專業(yè)，并負責全校思想政治理論課教學的集美大學二級機構(gòu)。

2014年11月，政法學院分立為思想政治理論課教研部和法學院兩個單位，其中社會工作專業(yè)、法學專業(yè)、法學專業(yè)（海商法方向）劃歸法學院。思想政治理論課教研部則專門承擔全校思想政治理論課的教研工作以及“馬克思主義中國化研究”專業(yè)研究生培養(yǎng)工作。“馬克思主義中國化研究”專業(yè)有兩個研究方向——社會發(fā)展與文化建設研究、特區(qū)經(jīng)濟理論與兩岸關系研究。社會發(fā)展與文化建設研究方向主要研究當代中國社會發(fā)展和文化建設的重大理論和現(xiàn)實問題；特區(qū)經(jīng)濟理論與兩岸關系研究方向則主要研究改革開放以來的特區(qū)經(jīng)濟理論實踐、兩岸關系和祖國統(tǒng)一問題。2015年思想政治理論課教研部又承擔了學科教育（思政方向）專業(yè)碩士的培養(yǎng)任務，招收該方向教育碩士研究生。2021年10月獲得“馬克思主義理論”碩士學位授權一級學科。

2017年4月13日，更名馬克思主義學院，以適應新形勢下立德樹人任務的需要。目前集美大學馬克思主義學院是福建省教育工委確定“福建省重點馬克思主義學院”，福建省馬克思主義學院“1+N”建設引航計劃組團負責單位，廈門地區(qū)高校思想政治理論課教學協(xié)作中心主任單位，學院擁有福建省教育廳人文社科研究基地——陳嘉庚與愛國主義研究中心。馬克思主義學院下設馬克思主義基本原理概論、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論、中國近現(xiàn)代史綱要、思想道德修養(yǎng)與法律基礎、形勢與政策、陳嘉庚精神、軍事理論等教研室。學院現(xiàn)有教職工60多人，其中，教授、副教授20多人，有校內(nèi)研究生導師19人，另有校外兼職研究生導師12人。學院的學科建設、課程建設具有深厚的歷史積淀，目前已形成一支師資結(jié)構(gòu)合理、教學能力突出、科研實力雄厚的教師隊伍，推出一批影響廣泛的教學和科研成果，培養(yǎng)一批理論扎實、能力突出的研究生。面向未來，學院將牢牢把握學科使命，緊緊圍繞我校建設“工海”特色更加鮮明的一流大學的戰(zhàn)略目標，努力建設成為馬克思主義理論教學、研究和宣傳的重要陣地，為國家和地區(qū)培養(yǎng)更多具有深厚理論基礎、堅定理想信念的馬克思主義理論專業(yè)人才和“工海”等領域人才。