藥學院創建于1998年，學院現有基礎與臨床藥理學、藥劑學、藥物化學、天然藥物化學、藥物分析、中藥學、中藥炮制、藥用有機化學8個教研室和藥物代謝中心、分子藥理、藥物研究所等研究室、所，有教職工67名，其中專任教師50人，教授15名，副教授23名；博士生導師11名，碩士生導師45名，90%教師具有博士學位。有首批“全國高校黃大年式教師團隊”1項，國家級教學團隊1項，教育部骨干教師1名，皖江學者3名，安徽省高校領軍人才1名，安徽省教學名師3名，安徽省學術和技術帶頭人5名，安徽省學術技術帶頭人后備人選5名。

學院擁有重大自身免疫病安徽省實驗室、抗炎免疫藥物教育部重點實驗室、藥學、中藥學安徽省省級重點學科。中藥藥理學為國家中醫藥管理局中醫藥重點學科建設點，《臨床藥理學》課程被評為國家級精品課程、國家級精品資源共享課、中國醫學教育慕課聯盟首批規劃課，藥學專業被教育部、財政部批準為第三批高等學校特色專業建設點，醫藥復合型人才培養模式創新實驗區被評安徽省人才培養模式創新實驗區。近三年，學院“藥理學與毒理學”ESI全球排名一直位于前1%，“藥理學與毒理學”獲得安徽省省屬公辦普通本科高校世界一流學科，“藥學”獲安徽省國內一流學科獎補資金項目（A類）資助和安徽省高峰學科建設立項。學院承擔含國家自然科學基金資助項目、中醫藥行業科研專項等國家級項目30多項，省部級項目24項，總科研經費達1400余萬元，申請或授權國家專利20余項。發表SCI論文332篇，其中ESI高被引論文（HCP）7篇。

學院現有藥學、中藥學、臨床藥學3個本科專業，藥學、中藥學2個一級學科碩士（學術型及專業型）授權點，藥學一級學科博士授權點和藥學博士后科研流動站，形成了本科、碩士、博士、博士后教育為一體的多層次辦學格局。

學院踐行知識探究、能力建設和人格養成“三位一體”的人才培養理念，始終以“立德樹人”為根本，以提高培養質量位核心，注重基礎，強調實踐能力訓練，注重學生社會責任、組織能力、團隊精神、創新意識、道德修養等綜合素質的培養，通過廣泛深入、豐富多彩的課內外科技學術活動、文體活動、志愿活動、社會實踐等形式，培養學生創新能力、創新精神和科學作風，促進學生德智體美勞全面發展。近年來，學生培養質量穩步提高，研究生年就業率達到100%，本科生年平均就業率在95%以上，在全國各類大學生賽事上屢獲佳績，先后獲得國家級暑期“三下鄉”社會實踐優秀團隊、“挑戰杯”全國大學生課外學術科技作品競賽全國二、三等獎，全國醫藥院校藥學/中藥學專業大學生實驗技能競賽連續五屆獲得最高獎項——特等獎，全國大學生藥苑論壇連續三年獲一等獎，獲得安徽省大學生職業生涯規劃金、銀獎。

2015年起，學院與美國東北俄亥俄醫科大學合作，每年從本科生中選派部分學生赴美參加為期1年的交流學習，目前已選送5名29名學生參加。為學院師生拓寬國際視野、提升國際聲譽，積極推動學院教學改革和發展創造良好機遇。