安徽農業大學工學院的前身為1958年建立的安徽農學院農業機械系，1959年開始招生，1989年農業機械系更名為農業工程系， 2001年再次更名為工學院。 學院設有農業機械系、機械工程系、電氣工程系、車輛工程系、建筑工程系、水利工程系、實驗中心、機電工程園等8個二級機構。現有農業機械化及其自動化、機械設計制造及其自動化、車輛工程、電氣工程與自動化、農業水利工程、土木工程等6個一本專業。其中農業機械化及其自動化專業2010年被教育部批準為國家級特色專業，機械設計制造及其自動化專業2008年被省教育廳批準為省級教改示范專業，工學基礎實驗中心、工程圖學實驗中心和農業工程實驗中心在2005、2012、2014年分別被批準為省級實驗示范中心。目前，學院共有全日制在校本科生近2000人，碩士研究生180余人。近3年來，畢業生的初次就業率均在95％以上，位居學校前列。

工學院現有在職教職工79人，其中教授9人，副教授23人，講席教授4人，博士生導師1人，碩士生導師(含校外導師)60人，教師中博士后6人，具有博士學位32人。現有“作物生產機械化工程”二級學科博士學位授權點1個，“農業工程”和“機械工程”2個一級學科碩士學位授權點，下設農業機械化工程、農業生物環境工程、農業電氣化與自動化、農業水土工程、機械設計及理論、機械電子工程、車輛工程、機械制造及其自動化等8個二級學科碩士學位授權點。“農業機械化工程”學科為安徽省省級重點學科，“農業建筑環境與能源工程”學科為校級重點扶持學科，“農業機械化工程”實驗室為校級重點扶持實驗室。

近3年來，學院先后承擔國家自然科學基金、農業部行業專項、國家重點研發計劃項目等省部級以上各類科研項目80余項，科研經費近2600萬元；在國內外各類期刊和學術會議上發表學術論文332篇，其中SCI、EI收錄論文80余篇；編著出版教材及專著37部，其中主編、副主編17部；獲全國優秀教師1人、省級教學名師1人、省級教壇新秀2人、省級學術和技術帶頭人1人、省級學術和技術帶頭人后備人選2人；學院7名教師入選安徽省農業機械產業技術體系崗位專家，其中首席專家1名；獲教學成果二等獎2項、三等獎1項，獲省部級科技進步獎6項，其中一等獎3項；獲省級科技鑒定成果17項，國家發明專利授權60多項。

學院注重對學生的全方位培養，目前與蕪湖寶騏汽車制造有限公司合作設有“寶騏新能源”虛擬班獎學金，并與中聯重科、馳緯電氣、中冶第十七局、多家行業知名企業合作建立了教學和就業實習實踐基地；學院積極鼓勵并指導學生參加各類學科競賽，近年來在全國“挑戰杯”系列競賽、全國周培源大學生力學競賽、全國大學生機械創新大賽、全國大學生電子設計競賽等國家A類賽事中屢獲佳績，學生整體學科素養得到提升；學院應屆畢業生的研究生錄取率逐年提升，目前已達到20%以上，其中考取中國科學技術大學、浙江大學、東南大學、北京航空航天大學、廈門大學、湖南大學等國內“985”、“211”高校的學生超過50%；多年來，學院為國家培養輸送了上萬名高級工程專門技術人才，畢業生遍及國家電網各基層單位、比亞迪、長安汽車、久保田集團等省內外知名機械制造企業、以及中鐵集團、中建集團等國有大型建筑設計施工單位，涌現出了如安徽環新集團董事長潘一新、蕪湖寶騏汽車制造有限公司總裁楊愛喜等知名校友。