安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)植物保護(hù)學(xué)院的前身是1960年設(shè)于原農(nóng)學(xué)系的植物保護(hù)專(zhuān)業(yè)，1973年獨(dú)立建系。學(xué)院先后創(chuàng)設(shè)農(nóng)業(yè)環(huán)境保護(hù)專(zhuān)業(yè)（環(huán)境工程專(zhuān)業(yè)）、應(yīng)用微生物專(zhuān)業(yè)（生物技術(shù)專(zhuān)業(yè)）、環(huán)境科學(xué)專(zhuān)業(yè)、生態(tài)學(xué)專(zhuān)業(yè)、動(dòng)植物檢疫專(zhuān)業(yè)。2004年經(jīng)學(xué)校院系、學(xué)科調(diào)整后更名為植物保護(hù)學(xué)院。

學(xué)院現(xiàn)有植物病理學(xué)系、昆蟲(chóng)學(xué)系和生物安全系三個(gè)系，一個(gè)植物保護(hù)省級(jí)實(shí)驗(yàn)實(shí)訓(xùn)示范中心，應(yīng)用微生物和昆蟲(chóng)資源利用2個(gè)研究所，省病理學(xué)會(huì)和昆蟲(chóng)學(xué)會(huì)理事長(zhǎng)單位。植物病理學(xué)、農(nóng)業(yè)昆蟲(chóng)與害蟲(chóng)防治和農(nóng)藥學(xué)（共建）3個(gè)省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科；植物保護(hù)一級(jí)學(xué)科及農(nóng)業(yè)昆蟲(chóng)與害蟲(chóng)防治、作物安全生產(chǎn)（共建）、農(nóng)業(yè)微生物學(xué)（共建）等4個(gè)博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)；植物保護(hù)學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士授權(quán)點(diǎn)以及植物病理學(xué)、農(nóng)業(yè)昆蟲(chóng)與害蟲(chóng)防治學(xué)、農(nóng)藥學(xué)（共建）等3個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。現(xiàn)有農(nóng)業(yè)農(nóng)村部農(nóng)作物品種審定特性鑒定站、農(nóng)業(yè)農(nóng)村部安徽省遷飛性害蟲(chóng)雷達(dá)監(jiān)測(cè)站、植物病蟲(chóng)害生物學(xué)與綠色防控安徽普通高校重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、作物有害生物綜合治理安徽省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、安徽省主要農(nóng)作物品種抗病性研究與鑒定中心、安徽省農(nóng)產(chǎn)品安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室（共建）、安徽省植保技術(shù)培訓(xùn)中心等省部級(jí)平臺(tái)。學(xué)院現(xiàn)有植物保護(hù)、動(dòng)植物檢疫2個(gè)本科專(zhuān)業(yè)，1個(gè)本科實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心，植物保護(hù)專(zhuān)業(yè)為國(guó)家特色專(zhuān)業(yè)和省一流專(zhuān)業(yè)，動(dòng)植物檢疫專(zhuān)業(yè)為安徽省綜合改革示范專(zhuān)業(yè)。

學(xué)院現(xiàn)有教職工57人，教學(xué)科研人員45人，其中教授17人，副教授16人，博士學(xué)歷教師45人，博士生導(dǎo)師7人，省級(jí)“115”產(chǎn)業(yè)團(tuán)隊(duì)1個(gè)，省級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)1個(gè),安徽省學(xué)術(shù)及技術(shù)帶頭人(后備人選)4人，安徽省產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系崗位4人，安徽省教學(xué)名師3人，省級(jí)教壇新秀2人，享受省政府津貼1人，省委領(lǐng)導(dǎo)聯(lián)系專(zhuān)家1人，全國(guó)模范教師1人，全國(guó)優(yōu)秀科技工作者1人，安徽省先進(jìn)工作者1人，省模范教師、省優(yōu)秀教師、省師德先進(jìn)個(gè)人3人。

學(xué)院立足研究教學(xué)型的辦學(xué)定位，堅(jiān)持“安康天下 崇學(xué)事農(nóng)”院訓(xùn)，秉承嚴(yán)謹(jǐn)求實(shí)的學(xué)風(fēng)和團(tuán)結(jié)創(chuàng)新的作風(fēng)，努力彰顯我校傳統(tǒng)學(xué)科的優(yōu)勢(shì)與特色。五十多年來(lái)，學(xué)院培養(yǎng)了一大批植物保護(hù)高級(jí)技術(shù)人才。其中，博士和碩士畢業(yè)生500余人，本專(zhuān)科畢業(yè)生6000余人，為我省以及國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)發(fā)展做出了重要貢獻(xiàn)。