物流科學與工程研究院（原科學研究院）成立于2006年9月，于2016年9月正式更名。研究院建設立足港航、物流行業，面向社會，以科學研究為核心，以高等研究院為發展和定位目標，致力于高質量的科學研究及研究生培養，探索、認識和預測現代物流演化與發展趨勢，發展物流自動化、信息化、智能化技術，服務于“一帶一路”“長江經濟帶”“上海國際航運中心”等國家戰略中的物流科學與工程需求。

研究院下轄四個科研部門：物流研究中心、航運技術與控制工程交通行業重點實驗室、智能港口物流協同創新中心、電氣自動化研究所，擁有三個省部級重點研究基地：智能港口物流交通運輸行業協同創新平臺、航運技術與控制工程交通行業重點實驗室、上海航運物流信息工程技術研究中心。

“物流工程與管理”學科帶頭人黃有方校長是海內外著名的物流專家，擔任了教育部高等學校物流類專業教學指導委員會主任委員、中國航海學會理事長、上海國際航運中心專家委員會副主任、東北亞物流學會學術委員會主席、（UNCTAD/WTO）國際貿易中心（ITC）特別國際顧問等重要職務。物流科學與工程研究院現有教職工65人，其中教授11人，副教授18人，博士38人。

研究院現設有“物流工程與管理”博士后流動站，擁有“物流科學與管理”“物流工程與技術”2個二級學科博士點，“管理科學與工程”“控制科學與工程”2個全日制學術型的一級學科碩士點，以及“物流工程”領域工程碩士授予權。研究院現有包括留學生在內在校博士和碩士研究生400余名，現有專業學位碩士生實踐基地19個，其中市級示范基地1個、市級基地2個、校院級基地16個。

近年來，研究院完成各類科研項目200余項，項目經費近億元，特別是完成了一批包括科技部863計劃重點項目“集裝箱自動化碼頭裝備及示范項目”，國家發改委項目“物聯網應用示范工程”等，取得了顯著的成效。獲得國家級、省部級獎項近20項，2016年顧偉教授的“電力推進船舶動力控制、電站控制與航向控制技術及應用”成果獲得上海市科技進步一等獎，2017年黃有方教授的“自動化集裝箱碼頭裝卸系統關鍵技術及應用”成果獲上海市科技進步一等獎（第二單位）。據Elsevier Scopus數據統計，由研究院牽頭建設的“物流工程與管理”上海高校高峰學科港航物流學科方向，連續10年保持全球第1。

研究院積極與海內外的相關學術機構開展學術交流合作，邀請海內外杰出科學家訪問、講學，并努力創造條件，鼓勵和資助研究院的研究人員出國訪問和參加國際學術會議。

研究院將肩負“港航科技創新、物流戰略轉型、促進服務業升級”的使命，引領物流新技術、新方法、新模式的前沿與實踐，逐步發展成為具有國際水平的、在國內外有重要影響物流研究院。