1979年上海交大建立了生物醫學工程專業，是全國最早建立生物醫學工程專業的大學之一，1981年獲碩士學位授予權，1990年獲博士學位授予權，1998年建立博士后流動站，2002年被評為國家重點學科。四十多年來，上海交大生物醫學工程專業的工作者們以“敢為人先，追求卓越”的精神作為指引，在科研、教學、產品研發等領域取得了一系列卓越的成就，在2004、2008年、2012年、2016年國家一級學科評比中一直名列前三名。2015年，上海交大生物醫學工程專業成為上海交大入選“上海高峰高原學科”（I類）的四個專業之一。

2005年上海交大與原上海原第二醫科大學“強-強”合并后，將大力發展醫-工（理）交叉科學作為主要戰略之一。而Med-X研究院于2007年11月的成立，就是這一主戰略的一個關鍵的實施。該院是上海交大“985工程”建設的重要科技創新平臺之一，是學校直屬的從事醫工、醫理交叉研究的科研教育機構，以推動交叉性的、轉化性的醫學研究為核心目標。2011年4月8日，于上海交大建校115周年之際，在整合Med-X研究院與原生物醫學工程系的科研和教學資源的基礎上，生物醫學工程學院正式成立，形成了六個重點建設領域（生物醫療儀器、神經科學與工程、納米生物材料、醫學影像與信息、疾病生物學和系統生物醫學）。

2015年以來，借助高峰學科建設的契機，學院與閔行區政府共建“醫療機器人研究院”，與上海聯影醫療科技有限公司共建“醫學影像先進技術研究院”，與徐匯區政府共建“分子與納米醫學創新轉化中心”，與南通崇川區政府共建“生物醫學工程創新轉化基地”。2018年，聚焦學科領域，成立了醫學儀器與智慧診療平臺和分子與納米醫學平臺，進一步凝練形成了“兩院兩平臺”的學院新格局。

學院成立了由楊廣中院士、馮大淦院士等國際知名學者組成的國際學術委員會，以國際標準對引進人員和原有教師進行國際化評估。截至2018年12月31日，學院共有教職工106人，其中專職教師74人。專職教師中正高級職務人員30人，博士學位教師比例約100%、海外博士學位或博士后經歷教師比例82.4%。學院現有中國工程院院士1名，中組部“千人計劃”4名，“青年千人計劃”4名，上海千人1名，教育部“長江學者”1名，青年長江學者1名，國家杰出青年科學基金獲得者3名，“973”首席科學家2名，重大科學研究計劃首席科學家1名，求是杰出青年學者獎1名，教育部“新世紀優秀人才”3名。

學院積極推進“學在生醫工”人才培養模式改革，提升育人質量。本科生教學堅持“學科交叉、融合創新”，持續進行課程建設，實施ABET認證、卓越工程師計劃、本碩博貫通培養等。研究生培養注重課程建設、學科交叉和國際化交流，連續多年舉辦“醫工交叉博士生論壇”、“上海交通大學－瑞典皇家理工”聯合暑期學校、“上海交通大學-瑞士蘇黎世聯邦理工”聯合暑期學校。實施全覆蓋的本科生導師制、教授任班主任、創新創業實驗室等系列人才培養改革，形成了課堂教學、課外實踐、創新競賽相結合，專任教師、思政教師、校友全員合力育人的模式，多位教師獲得“十佳”班主任、最受學生歡迎的教師、凱原十佳教師和科研團隊等榮譽稱號。2016年底、2017年初先后歷史性獲得創青春全國大學生創業大賽金獎、市挑戰杯一等獎等重大獎項。

學院堅持走國際化辦學道路，與國外多所著名大學和科研機構開展廣泛的科研合作與學術交流,著力培養具有國際視野和國際競爭力的人才。拓展國際化辦學渠道，先后與海德堡大學、瑞典皇家理工學院等7所大學簽署雙學位項目，與約翰霍普金斯大學等6所院校簽署暑期交流項目，本科生海外交流覆蓋率達50%以上。加強國際科研合作與交流，建成上海交通大學瑞典文化交流中心，與約翰霍普金斯、加州伯克利、瑞典皇家理工、法國礦業、德國海德堡、英國帝國理工、澳大利亞悉尼大學等多所高校和科研機構開展國際科研合作。不斷提升學院國際學術影響力，成功舉辦國際腦卒中高峰會議、國際治療超聲大會、IEEEEMBS國際神經工程大會等頂級國際學術會議。

我們的目標是：到2020年，初步形成卓越的創新人才成長體系，學院成為國際學術大師薈萃、優秀青年才俊輩出的人才集聚地；初步形成卓越的創新人才培養體系，國家級教學成果獎、規劃教材、市精品課程取得突破、教書育人蔚然成風、“學在生醫工”形成特色；初步形成卓越的科技創新與服務轉化體系，產生若干國際公認的原創成果，形成若干具有行業影響力的轉化技術，國家級科技獎、基地取得突破；生物醫學工程學科建成全國頂尖學科，進入世界一流行列。

到建校150周年，全面實現建成世界一流學科、世界一流學院、培養世界一流人才的歷史性奮斗目標，實現人才培養、科技創新、成果轉化的多層次突破，為攻克重大疾病難題、服務創新型國家建設做出突出貢獻，為民族復興、國家富強、人類進步做出突出貢獻。