食品科學與工程學院始建于1988年，下設食品科學與工程系、食品質量與安全系、包裝工程系、乳品工程系等4個教學系和1個實驗管理中心。擁有“乳酸菌與發酵乳制品”省部共建協同創新中心、“乳酸菌篩選與乳品發酵技術”國家地方聯合工程實驗室、“畜產品加工”國家級特色優勢學科專項資助實驗室、“乳酸菌與發酵乳制品”國家奶牛體系加工研究室、“乳品生物技術與工程”教育部重點實驗室、“乳品生物技術”教育部工程研究中心、農業部東北區域農業微生物資源利用科學觀測實驗站、農業部奶制品加工重點實驗室、農業部發酵乳品加工技術集成科研基地、“乳酸菌與乳品發酵劑”自治區工程實驗室、“乳酸菌與發酵乳制品”自治區協同創新中心、“乳品生物技術與工程”自治區重點實驗室、“乳制品研究”自治區重點開放實驗室、“畜產品加工”內蒙古工程技術研究中心以及“益得”乳制品實驗廠。

學院現有在校本科生1833名、碩士研究生352名，博士研究生58名；有教職工88名，其中教授26人、副教授23人，博士生導師20人、碩士生導師44人，有60位博士學位獲得者，具有博碩士學位教師占專任教師總數的98.55%。專任教師中“長江學者獎勵計劃”特聘教授和國家杰出青年科學基金1人、國家優秀青年基金2人、享受政府特殊津貼專家2人、全國先進工作者1人、國家“百千萬人才工程”1人、全國農業科研杰出人才1人、國家“萬人計劃”科技領軍人才1人、教育部新世紀人才1名、自治區“新世紀321人才工程”一、二層人選8人、入選自治區“333人才引進工程”首席專家2人、自治區“草原英才”10人。

學院現有1個國家重點領域創新團隊、1個教育部科技創新團隊、1個農業部科研杰出人才及其創新團隊、3個自治區創新創業人才團隊、1個自治區科技創新團隊、1個自治區高等學校科技創新團隊，2個內蒙古自治區“草原英才”創新團隊和2個內蒙古農業大學科技創新團隊。

學院設有食品科學與工程、食品質量與安全、包裝工程和乳品工程4個本科專業。學院現有食品科學與工程一級學科博士（碩士）學位授權點1個，下設食品科學、農產品加工及貯藏工程2個二級學科博士授權點；食品科學、農產品加工及貯藏工程、糧食油脂及植物蛋白工程3個二級學科碩士授權點和食品加工與安全專業碩士學位點1個。2019年食品科學與工程學科獲批博士后流動站。其中，食品科學與工程專業是自治區品牌專業，并2014年入選首批“國家卓越農林人才教育培養計劃”試點項目，2019年獲批國家級一流專業建設點。農產品加工及貯藏工程學科是自治區重點建設學科，2016年食品科學與工程學科入選自治區首批“一流學科”建設序列，在2017年全國第四輪學科評估中獲得“B”檔。內蒙古畜產品加工研究會、內蒙古營養協會、內蒙古乳酸菌協會掛靠在本院。

多年來，一直堅持教學、科研和生產實踐相結合，近5年學院教師承擔國家自然科學基金、科技支撐計劃項目、863項目等國家級科研項目共60項，資金5147.6萬元，承擔省部級及橫向科研項目117項，資金3810.7萬元。學院教師在“Nature Communication”發表文章2篇，國內外重要學術期刊發表科技論文543篇，SCI和EI收錄218篇，出版教材和專著11部，申請國家發明專利56項，其中獲得授權發明專利40項。獲得教育部科技進步一等獎、教育部科技進步二等獎、內蒙古科技進步一等獎、內蒙古自然科學一等獎各1項，內蒙古自然科學二等獎2項，獲得高等教育自治區級教學成果一等獎1項，中華農業科技獎1項，大北農科技獎勵科技成果獎1項，內蒙古自治區十大科技進展1項。

學院十分重視學生綜合素質的培養，以提高學生的創新能力、實踐能力為突破口，大力開展學生第二課堂及科技創新活動。近5年，學院設立科技創新基金項目，立項70項，約350人次參與。學生在全國和自治區“挑戰杯”大學生課外學術科技作品競賽、“創青春”創業計劃大賽、互聯網＋大學生創新創業大賽以及食品行業大賽等競賽中屢獲佳績，區級及區級以上獲獎項目累計22項，獲獎學生累計114人次。2018年獲“創青春”浙大雙創杯全國大學生創業大賽第十一屆“挑戰杯”大學生創業計劃競賽銅獎，2017年獲第三屆“互聯網+”大學生創新創業大賽國家銅獎、自治區金獎。2014年“內蒙古農業大學食品科技創新團隊”榮獲年度全國大學生“小平科技創新團隊”。

在人才培養過程中，我院注重國際合作與交流，現有蒙古國留學生班2個。同時，學院與中國農業大學、美國亞利桑那州立大學等國內外著名大學及中國科學院北京基因組研究所等科研院所，建立了科技協作和聯合人才培養等合作關系。為了解決自治區經濟建設中的實際問題，通過利用我院“國家地方聯合工程實驗室”、“教育部重點實驗室和工程中心”等14個科研平臺及學生實習實踐基地，成功地完成了乳制品中天然乳酸菌的分離與開發利用，功能性乳制品及肉制品的研制，以及高新技術在乳肉貯藏保鮮、加工和肉宰后生理等方面的應用。其中“功能乳酸菌開發”、“綠色草原羊肉安全生產和加工關鍵技術”、“內蒙古主要優良肉羊品種羊肉品質研究與質量控制技術”等部分成果已成功地應用到“伊利集團”、“蒙牛集團”、“內蒙古伊泰生態農業有限公司”、“內蒙古額爾敦牛羊肉有限公司”等企業的產品研發和生產當中，取得了良好的經濟效益和社會效益。

我校自2012年4月被國家商務部批準為援外培訓承辦單位，是內蒙古唯一的承辦單位。截止2019年6月，我院作為協辦單位先后開辦了8期援外項目培訓班、研修班，累計培訓了來自阿塞拜疆、約旦、立陶宛、烏拉圭、坦桑尼亞、津巴布韋、尼加拉瓜、巴拿馬、古巴，南蘇丹、格林納達、馬來西亞、多米尼加共和國、蒙古國等30多個國家的200多名官員、學者，以及相關技術人員。培訓班通過專題講座、參觀考察、文化體驗、學術交流的方式，為學員講述乳、肉、農產業的發展現狀與發展趨勢，傳授在相關領域的中國經驗和技術。目前，我院已形成了一整套系統的教學服務管理模式，擁有較強的國際培訓實力和豐富的國際官員培訓經驗，為進一步推動國際交流與合作做出了貢獻。