生物工程學院前身為河北輕工業學院發酵工程專業，建于1958年。1960年全國院校整合時，北京輕工業學院發酵工程專業遷入我院，成為我國高校中實力最強的兩個發酵工程專業之一。1996年改名為生物化工專業，1999年根據國家教育部頒布的高等學校本科專業目錄又更名為生物工程專業。隨著生物技術的飛速發展、研究領域的拓寬及國內生物與醫藥產業的發展需求，2000年新增制藥工程專業。2004年，生物工程專業和制藥工程專業組建成生物工程學院。學院加快推進高等教育國際化進程，2013年與英國Heriot-Watt大學合作建立中英合作辦學項目-生物工程（釀造與蒸餾）專業，2017年面向國際留學生開設Biological Engineering專業。學院的兩個本科專業2017年均入選天津市雙一流專業，其中生物工程專業為國家特色專業、天津市品牌專業、天津市優勢特色專業，制藥工程專業為天津市戰略性新興產業相關專業、天津市應用型專業。

學院現有教職工116人。其中專任教師96人，具有高級職稱的教師60人，占專任教師的62.50%，具有博士學位的教師占專任教師比例達到了99%。有國家教學名師1人、國家“萬人計劃”入選者2名、國務院政府特貼專家3人、外籍院士3人。此外，建設有國家級教學團隊1支、天津市教學團隊2支。在校研究生800余人，中外本科生1000余人。

學院擁有輕工技術與工程一級學科博士點和博士后流動站，下設發酵工程、制糖工程、發酵食品與健康3個二級學科博士點，擁有生物工程、藥學2個一級學科碩士點，包括發酵工程、制糖工程、生物化工、微生物與生化藥學（醫）、微生物與生化藥學（理）、藥物化學（醫）和藥物化學（理）、藥理學、藥物分析學等9個學術型全日制學術型碩士點，輕工技術與工程（發酵工程）、生物工程、制藥工程等3個全日制工程碩士專業學位授權點及在職工程碩士學位授權點。其中“發酵工程”學科為國家重點學科，輕工技術與工程學科為天津市一流學科、藥學學科為天津市重點學科。目前，學院已與南開大學、天津大學、天津金耀集團等共建了“工業生物技術”天津市特色學科群。強勁的學科優勢為專業建設和教學水平的提高奠定了堅實的基礎。

學院擁有“省部共建食品營養與安全國家重點實驗室”、“生物工程國家級實驗教學示范中心”、“代謝控制發酵技術國家地方聯合工程實驗室”、“食品營養與安全和藥物化學國際科技合作基地”、“工業酶國家工程實驗室”、“工業發酵微生物教育部重點實驗室”、“天津市微生物發酵與代謝控制工程技術中心”、“天津市工業微生物重點實驗室”、 “天津市氨基酸高效綠色制造工程實驗室”、“天津市普通高等學校生物工程實驗教學示范中心”、國家勞動社會保障部“釀酒行業職業技能鑒定站”和“氨基酸行業職業技能鑒定站”、“天津市發酵行業工程技術中心”以及和食品學院聯合支撐建設的教育部“食品生物技術工程研究中心”等體系完善的國家和省部級教學與科研平臺。目前為教育部高等學校生物工程與生物技術專業教學指導委員會委員、中國生物發酵產業協會副理事長、中國食品學會副理事長等單位。

學院依托輕工發酵的傳統優勢，以“發酵工程”國家重點學科發展，國家及濱海新區發展需求為導向，設立了六個科學研究方向：生物反應工程、現代釀造技術、酶與生物催化工程、代謝工程、生物制藥以及藥物化學。近五年，學院承擔和完成了國家、省部級和橫向科研項目340余項，多項成果達到國際領先、國際先進水平，榮獲國家、省部級科技獎勵30余項。五年來共發表學術論文1200余篇，其SCI學術論文500余篇，授權國家發明專利200余項。

學院高度重視教育教學研究與教學改革。學院擁有3個教學一級實驗室，下設9個二級實驗室。其中“生物工程基礎實驗中心”為天津市優秀實驗室，“生物工程實驗教學中心”為國家級實驗教學示范中心。學院擁有國家級教學名師1人，建設有國家級教學團隊1支、天津市教學團隊2支；近年來出版教材30余部，完成本科教學質量工程或教學改革項目國家級5項、天津市級8項。其中，“生物工程與生物技術專業創新人才培養模式的探索與實踐”等2個項目榮獲國家級教學成果獎、“面向新工科建設的生物制藥創新人才培養體系構建與實踐”等6個項目榮獲天津市教學成果獎，4部教材榮獲中國輕工業優秀教材一等獎。學院堅持以本科教學為中心，采用現代教育技術手段，加強教育質量管理，拓寬工程專業口徑，積極發展產學研合作教育，培養了大批知識、能力、素質協調發展的優秀人才。幾十年來，學院培養的一大批畢業生已成為行業領軍人物、企事業單位領導及相關領域知名專家，在生物工程、制藥工程等行業發揮重要作用，獲得社會普遍贊譽。

長期以來，學院按照學校“國際化”發展的目標，先后與日本、英國、法國、美國、德國、捷克等國進行了多項合作人才培養、科研和學術交流。目前已與英國Heriot-Watt大學合作建立了中英合作辦學項目-生物工程（釀造與蒸餾）專業，此外還面向國際留學生開設了Biological Engineering專業。這些項目及專業也為全體師生提供了國際化交流的良好平臺，大大提升了師生們的國際視野。